Для йоркширского терьера шерсть является главным признаком породы, следовательно огромное значение при разведении собак мы должны придавать правильной структуре и цвету шерсти. Эти признаки являются наследственными и зависят от совокупности многих генов.
В стандарте резко ограничены границы допустимого окраса – цвета шерсти – голова и лапы яркого рыже-коричневого, чепрак на спине темно-голубовато-стального, простирающийся от линии черепа до основания хвоста и не опускающийся ниже локтевого и коленного суставов.
Остевой волос состоит из кутикулы (тонкой твердой оболочки), коркового и мозгового вещества, а на поперечном разрезе – из сердцевины, вокруг которой расположены участки коркового слоя, имеющие пигмент – эумеланина (коричневого или черного цвета) и феомеланина (желтого или красноватого). Эти участки чередуются с прозрачными непигментированными зонами, содержащими пузырьки воздуха. Окрас волоса зависит от наличия в кутикуле и сердцевине пигментных участков и величины воздушных зон.
Наследование окраса происходит по принципу множественного аллелизма.
За каждый признак или цветовую гамму отвечает определенный ген.
Ген А агути – самая сложная серия генов, названная так в честь дикого зайца зонарного окраса, живущего в Южной Америке. Зонарным он называется потому, что остевой волос на всем протяжении окрашен неравномерно из-за распределения в нем пигмента феомеланина или эумеланина.
Используются следующие символы серии аллеля агути: А, ау , аg, аs, аt.
А – доминантный черный,
аs  - седловидный, или чепрачный (с интенсивным подпалом на голове и лапах),
аt – двухцветный, подпалый (черное или печеночное седло, распределяющееся на большую часть тела с подпалом на бровях и лапах).
Все серии аллеля агути вызывают у щенков глубокий окрас. С возрастом он становится более светлым. Глубина желто-коричневого пигмента (подпала) может меняться от слегка бледно-кремового (что является крайне нежелательным для йоркширского терьера), через желтовато-коричневый до цвета красного дерева (что тоже нежелательно). Ослабление тона и оттенки подпала доминируют над более ярко выраженными и насыщенными.
Ген В – обуславливает развитие чисто-черного окраса. Он является доминантным по отношению к гену b (коричневый, желто-коричневый, красный). У собак с генотипом bb не синтезируется черный пигмент, поэтому края век, губ, мочка носа и когти имеют у них печеночный, а не черный окрас, глаза не карие, а орехового цвета.
Аллели серии Ccch, cb, cd, c.
С – основной фактор развития окраса. Аллель С необходим для основного окраса, поэтому многие собаки, в том числе и йоркширы, имеют генотип СС. Сch, Сd препятствуют нормальному развитию желтого пигмента – феомеланина, С препятствует развитию любого окраса.
Гены D и d – ослабители окраса. D усиливает интенсивность пигмента в корковом и сердцевинном веществе волоса, ген d влияет на распределение и уменьшение зерен пигмента в корковом веществе. Сами по себе эти гены не влияют на пигментацию волоса, они вступают в союз с аллелями, лежащими в других локусах, влияя на различную степень их проявления (экспрессии). При генотипе DD собака будет иметь яркий и насыщенный окрас, при генотипе dd окрас будет ослабленным. Степень ослабления окраса зависит от того, какой пигмент содержится в волосе – черный или желто-коричневый, а также от наличия генов-модификаторов.
Аллели серии Е – отвечают за распространение окраса Е, Еm, е, еbr, еp.
Е – обуславливает равномерное распределение окраса,
Еm – ген маски на морде,
е – ограничивает распространение окраса,
еbr – тигровость.
Е доминирует над е. При генотипе Е мочка носа будет черной, края век темными.
Генотипы аsЕm и аtEm дадут черно-подпалый окрас с черной маской, а генотипы аsЕ и аtE – без маски.
Серия аллеля G – обуславливает отсутствие поседения, что является трагедией для всех владельцев йоркширских терьеров. Генотип GG или Gg гарантирует, что со временем щенки обязательно перецветут, приобретя голубой окрас различной интенсивности. А вот малыши с генотипом gg так и останутся черными. Некоторые йоркширские терьеры являются гетерозиготными Gg по этому признаку, поэтому среди них иногда появляются черные особи gg. Таких собак не экспонируют на выставках, начиная с 18 месяцев, но их вполне можно использовать в разведении.
Необходимо сказать, что аллели dd тоже вызывают ослабление черного окраса до голубого, но щенки с генотипом BBdd или Bbdd рождаются не черными, а шиферно-голубыми (серовато-синими). Взрослая собака с таким генотипом будет демонстрировать ослабленный серебристо-голубой окрас чепрака и бледно- желтый подпал, ореховые глаза и слабую пигментацию вокруг глаз.
Серия аллеля Ss.
S – отвечает за сплошную пигментацию шерсти или однотонный окрас.
S – белая пятнистость или единичные белые участки.
Ген S доминантен по отношению к гену s.
Чаще всего единичные белые пятна у йоркширских терьеров мы можем наблюдать на пальцах, груди, подбородке, животе. При дальнейшем увеличении эти пятна вытесняют основной окрас, поднимаясь выше лучезапястного сустава и заплюсневого суставов, окружая шею в виде воротника. Каждый из этих двух центров депигментации наследуется самостоятельно. Хотя у йоркширских терьеров генотип SS, иногда такие пятна появляются у новорожденных щенков, но чаще всего они исчезают во время перецвета.
Серия аллеля T, t – тиковой испещренности.
Рецессивный аллель t не имеет такого эффекта.
В генотипе правильно окрашенного йоркширского терьера содержатся следующие гены – AsasBBCCDDEEGGSStt. В локусе А может находиться аллель аt, отвечающий за протяженность чепрака, а в локусе С – аллель cch, обуславливающий оттенки пятен подпала, вплоть до крайне нежелательных слишком осветленных.
Щенки, унаследовавшие правильный набор генов, рождаются очень темными (черными) с яркими рыжими пятнами над глазами, на щеках, под хвостом, на груди и с окрашенными в рыжий тон до локтевых и скакательных суставов лапками. Перецветая с возрастом, они становятся синевато-стальными с ярким подпалом.
Внимательно изучая родословные своих производителей и точно зная фенотип их предков, любой старательный разведенец сможет прогнозировать цвет будущих щенков йоркширского терьера при составлении определенной пары производителей.
Например, если сука-производительница имеет в фенотипе черный цвет чепрака, то в ее генотипе обязательно присутствует аллельg. Следовательно, кобель, подобранный ей в пару, не должен иметь в своем фенотипе черного чепрака, а в генотипе – аллеля g, иначе вероятность получения щенков с генотипом gg увеличивается, и мы рискуем получить неперецветающих щенков. Также, если вы обладаете информацией, что от производителя с сине-стальным цветом чепрака были получены неперецветающие щенки при вязке с сукой, обладающей сине-стальным-голубым цветом чепрака, следует очень сильно подумать, прежде чем вести свою суку на вязку к этому производителю (Gg). Тем более если от вашей суки (Gg) когда-либо появлялись неперецветающие щенки. Вероятность появления щенков с черным чепраком сильно возрастает, поскольку сочетание генов ущенков, полученных от обоих родителей, будет GG, Gg, gg.
Также внимательно следует относиться к слишком осветленным производителям и подбирать им в пару только правильно окрашенных.